首先AE是特效软件，FLASH是动画制作软件。
在操作上就有很多区别。
AE的MG是通过操控点来让图像扭曲。所以说，这个AE的MG也是要在PS或其他软件里设计，再导入AE里制作，简单图形也可以直接AE做但是形式和工具就局限了。
而FLASH是3种动画制作形式，逐帧，形状变形，元件动画，在制作上泛用性更好。
其次基于传统动画形式是要求很高的手绘能力，而AE基于传统的形式，所以要绘画能力很高，而FLASH的话因为动画形式多，所以可以变通的也多，也就不是非要那么高的手绘能力。
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