肠道菌群失调与心血管疾病的很多危险因素，如高脂血症、肥胖、2型糖尿病等密切相关。也就是说，肠道菌群健康对心脏是有好处的，反之，就会影响和加重心血管疾病。
人的肠道至少有1000种菌群，它们除了能影响我们的消化能力，以及感染和自身免疫疾病的患病风险, 还与多种疾病存在相关性。比如，研究发现，肠道菌群产生并释放的氧化三甲胺可以影响胆固醇的沉积过程，如果氧化三甲胺水平较高，动脉粥样硬化、血栓、心衰的发病率都会增高。这一系列变化又可导致肠道病变恶化，菌群紊乱加剧，形成恶性循环。
预防和治疗心血管疾病，可从调节肠道菌群入手，而饮食是基础手段。促进心脏健康的方法主要有三大类：一是改善日常饮食，减少摄入动物制品，尤其是红肉。二是使用特级初榨橄榄油、香醋和葡萄籽油，坚持地中海饮食等。这些饮食富含一种能够抑制三甲胺产生的化合物，且不会杀死肠道细菌，只是降低与高水平氧化三甲胺及动脉硬化有关的特定细菌的比例。地中海式饮食以鱼类、豆类、蔬菜、水果、坚果、橄榄油为主, 有时会搭配适量红酒。三是在膳食中补充益生元，有益肠道菌群平衡。益生元可以选择性地促进双歧杆菌、乳杆菌等益生菌的生长或活力，进而拮抗有害菌。生活中的低聚果糖、反式低聚半乳糖、菊粉以及人乳低聚糖、抗性淀粉、果胶、阿拉伯木聚糖、全谷物、膳食纤维，还有其他具有调节肠道微生物作用的非碳水化合物均为潜在的益生元。
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